Estandarización de PCR en tiempo real para detección y cuantificación de los oncogenes E7 de seis Virus del Papiloma Humano de Alto Riesgo

El cáncer de cuello uterino es causado por la infección persistente del epitelio cervical con los genotipos de alto riesgo del Virus del Papiloma Humano. Para su detección se realizan pruebas moleculares que detectan el gen L1 del VPH. Este gen puede perderse hasta en el 11 % de los casos durante la integración del ADN viral en el genoma del hospedero originando falsos negativos. Por otra parte, el oncogén E7 se expresa durante todas las etapas de progresión de la enfermedad. El objetivo de este trabajo fue estandarizar una PCR en tiempo real del oncogén E7 (E7-qPCR) para genotipificación y cuantificación de 6 VPH-AR. Los resultados muestran que la E7- qPCR amplificó VPH-16, -18, -31, -33, -35 y -45 con una alta sensibilidad con límites de detección desde 102 copias, eficiencias entre 90 y 110 %, valores R2 > 0,97 y análisis de curva de fusión que revelan productos específicos.

Cervical cancer is caused by persistent infection of the cervical epithelium with the high-risk genotypes of the Human Papilloma Virus (HR-HPV). For its detection, molecular tests are carried out that detect the L1 gene of HPV. This gene can be lost in up to 11 % of cases during the integration of viral DNA into the host genome, causing false negatives. On the other hand, the E7 oncogene is expressed during all stages of disease progression. The aim of this work was to standardize a real-time PCR of the E7 oncogene (E7-qPCR) for genotyping and quantification of 6 HR-HPV. The results show that the E7-qPCR amplified HPV-16, -18, -31, -33, -35 and -45 with high sensitivity with detection limits from 102 copies, efficiencies between 90 and 110 %, R2 values >0,97 and melting curve analysis revealing specific products.

Experiencia en el diagnóstico de tuberculosis meníngea en un hospital de alta complejidad en Colombia / The experience of a tertiary care hospital in Colombia in the diagnosis of meningeal tuberculosis

Resumen Introducción: la tuberculosis es una de las enfermedades infecciosas de mayor distribución mundial y la tuberculosis meníngea es una de sus manifestaciones más devastadoras. Su diagnóstico y confirmación microbiológica no siempre es fácil. Objetivo: describir la experiencia en el diagnóstico de tuberculosis meníngea por pruebas moleculares comparado con cultivo, caracterizando las principales manifestaciones clínicas y determinar los factores asociados a mortalidad. Métodos: identificamos retrospectivamente a los pacientes adultos con diagnóstico de tuberculosis meníngea, mediante técnicas de pruebas moleculares y/o cultivo para M. tuberculosis, que ingresaron en nuestra institución entre enero de 2018 y marzo de 2020, se realizó un análisis estadístico descriptivo. Se excluyeron mujeres gestantes, pacientes que no contaran con prueba molecular para M. tuberculosis. Resultados: se obtuvo una muestra de 33 pacientes, los hallazgos más relevantes en el citoquímico de líquido cefalorraquídeo (LCR) fue la presencia de hipoglucorraquia, con una mediana de 34.2 mg/dL (RIQ 2.0-95.0 mg/dL) y de hiperproteinorraquia, con mediana de 265 mg/dL (RIQ 24.0-600 mg/dL). El resultado más significativo fue la presencia de proteína C reactiva elevada en suero en todos los casos, con una mediana de 53.3 mg/L (RIQ 22.9-89.6 mg/L) y neutrofilia en 75.8% (25). La mortalidad fue de 54.5% (18), la sensibilidad de la prueba molecular en LCR fue del 38.46% y el valor predictivo positivo de 58.82%. Conclusiones: el diagnóstico de TB meníngea sigue siendo todo un reto, aunque las pruebas moleculares pueden ayudar en el diagnóstico temprano, su sensibilidad es baja en formas extrapul-monares. (Acta Med Colomb 2022; 47. DOI:https://doi.org/10.36104/amc.2022.2115).

Abstract Introduction: tuberculosis is one of the most widely disseminated infectious diseases worldwide, and meningeal tuberculosis is one of its most devastating manifestations. Its diagnosis and microbiological confirmation is not always easy. Objective: to describe the experience in diagnosing meningeal tuberculosis through molecular tests compared to a culture, characterize the main clinical manifestations, and determine factors associated with mortality. Methods: we retrospectively identified adult patients diagnosed with meningeal tuberculosis through molecular and/or culture tests for M. tuberculosis who were admitted to our institution between January 2018 and March 2020. A descriptive analysis was performed. Pregnant women and patients who did not have a molecular test for M. tuberculosis were excluded. Results: a sample of 33 patients was obtained. The most relevant cerebrospinal fluid (CSF) cytochemical analysis findings were low glucose, with a median of 34.2 mg/dL (IQR 2.0-95.0 mg/ dL) and high protein, with a median of 265 mg/dL (IQR 24.0-600 mg/dL). The most significant result was elevated serum C-reactive protein in all cases, with a median of 53.3 mg/L (IQR 22.9 -89.6 mg/L) and neutrophilia in 75.8% (25). Mortality was 54.5% (18), the sensitivity of the CSF molecular test was 38.46% and the positive predictive value was 58.82%. Conclusions: the diagnosis of meningeal TB continues to be a challenge. While molecular tests can help provide an early diagnosis, their sensitivity is low in extrapulmonary forms. (Acta Med Colomb 2022; 47. DOI:https://doi.org/10.36104/amc.2022.2115).

Evaluación del desempeño clínico del ensayo SUMASIGNAL VHC para la detección del ARN del virus de la hepatitis C

RESUMEN Introducción: La detección y cuantificación del genoma del virus de la hepatitis C (ARN-VHC), mediante la transcripción inversa-PCR en tiempo real (RT-qPCR), es vital para el diagnóstico y seguimiento del tratamiento antiviral de los pacientes con hepatitis C. Objetivo: Evaluar los indicadores de desempeño clínico como la especificidad, sensibilidad y reproducibilidad del ensayo SUMASIGNAL VHC, comercializado por el Centro de Inmunoensayo (Cuba), tomando como técnica de referencia la prueba Artus® HCV RG RT-qPCR. Métodos : Se empleó un panel conformado por 70 muestras de suero: 46 ARN-VHC positivas, 12 ARN-VHC negativas y 12 positivas a marcadores moleculares de otros virus. El coeficiente de correlación de Pearson (r) y la prueba de Bland-Altman, se utilizaron para comparar las cargas virales del VHC, obtenidas por las técnicas SUMASIGNAL VHC y la de referencia; las que fueron expresadas en logaritmo en base 10 (log10) UI/mL. Los valores de p< 0,05 se consideraron estadísticamente significativos. Resultados: La sensibilidad y especificidad clínica del SUMASIGNAL VHC fue 100 %; mientras que no se detectó reactividad cruzada con los otros virus evaluados. Se demostró que el ensayo en cuestión, tuvo una correlación buena (r= 0,89) y fuerte concordancia (media= -0,01 Log10 UI/mL) con la prueba de referencia (p< 0,0001). La reproducibilidad de la cuantificación del ARN-VHC en dos momentos diferentes, con la prueba SUMASIGNAL VHC mostró una correlación excelente (r= 0,97; p< 0,0001). Conclusiones: El ensayo SUMASIGNAL VHC proporciona datos válidos, reproducibles y técnicamente confiables para realizar el diagnóstico específico del VHC, incluso constituye una herramienta útil para monitorear la carga viral de este agente en el Sistema Nacional de Salud Cubano.

ABSTRACT Introduction: Detection and quantification of the hepatitis C virus genome (HCV RNA) by real time reverse transcription PCR (RT-qPCR) are vital for the diagnosis and antiviral treatment follow-up of hepatitis C patients. Objective: Evaluate the clinical performance of the SUMASIGNAL HCV assay for quantification of HCV viral load. Methods: A panel was formed with 70 serum samples: 46 HCV RNA positive, 12 HCV RNA negative and 12 positive for molecular markers of other viruses. Pearson's correlation coefficient (r) and the Bland-Altman plot were used to compare the HCV viral loads obtained by SUMASIGNAL HCV techniques with reference values, which were expressed as base 10 logarithm (log10) UI/ml. Values of p <0.05 were considered statistically significant. Results: The clinical sensitivity and specificity of SUMASIGNAL HVC were 100%, and no cross-reactivity was detected with the other viruses evaluated. The study assay exhibited a good correlation (r= 0.89) and strong concordance (mean= -0.01 Log10 UI/ml) with the reference test (p< 0.0001). Reproducibility of the HCV RNA quantification with the SUMASIGNAL HCV test at two different moments displayed an excellent correlation (r= 0.97; p< 0.0001). Conclusions: The SUMASIGNAL HVC assay provides valid, reproducible and technically reliable data for specific HCV diagnosis. It is also a useful tool to monitor the viral load of this agent in the Cuban National Health System.

Evaluación de una reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real simple y rápida para la cuantificación del ADN del virus de la hepatitis B / Evaluation of a simple and fast real time polymerase chain reaction assay for quantification of hepatitis B virus DNA

Introducción: Los ensayos para cuantificar el ADN del virus de la hepatitis B (VHB) o carga viral son imprescindibles en el diagnóstico y en el seguimiento de los pacientes con hepatitis B crónica; de ahí que estén disponibles estuches diagnósticos para esta función. En el presente estudio se muestra la validación de SUMASIGNAL VHB (un paso), el cual es un sistema de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RCP-TR) para la cuantificación del genoma del VHB, propuesto por el Centro de Inmunoensayo. Objetivo: Evaluar el desempeño analítico de SUMASIGNAL VHB (un paso). Métodos: Se utilizó un panel de 80 muestras de suero bien caracterizadas y el Tercer Estándar Internacional de la OMS para las técnicas de amplificación de ácidos nucleicos del virus de la hepatitis B. Se determinaron las características del ensayo como especificidad clínica, especificidad analítica (reactividad cruzada), rango lineal o linealidad y exactitud, precisión intraensayo y comparación con un ensayo de referencia. Resultados: La especificidad analítica y clínica fue del 100 por ciento. Al evaluar la linealidad y exactitud con un estándar de referencia de la OMS, se obtuvo que la totalidad de las diferencias entre los Log10 del valor obtenido y el de referencia resultaron inferiores a 0,5 Log10 (r= 0,9977 y r2= 0,9954). Además, se obtuvieron bajos coeficientes de variación intraensayo. La evaluación comparativa con el estuche comercial Artus HBV RG PCR kit mostró una correlación fuerte (r= 0,8882). Conclusiones: SUMASIGNAL VHB (un paso) es un ensayo fácil de realizar manualmente, es rápido e incluye reactivos de extracción de ácidos nucleicos. Teniendo en cuenta la validez del método para el uso previsto, puede ser recomendado para su introducción en el diagnóstico, la vigilancia y la indicación de tratamiento en los pacientes con hepatitis B crónica(AU)

Introduction: Assays to quantify hepatitis B virus (HBV) DNA or viral load are indispensable for the diagnosis and follow-up of patients with chronic hepatitis B, hence the availability of diagnostic kits for this purpose. The present study deals with the validation of HBV SUMASIGNAL (one step), a real time polymerase chain reaction (RT-PCR) system for quantification of the HBV genome proposed by the Immunoassay Center. Objective: Evaluate the analytical performance of HBV SUMASIGNAL (one step). Methods: Use was made of a panel of 80 well characterized serum samples and the Third WHO International Standard for hepatitis B virus nucleic acid amplification techniques. Determination was performed of assay characteristics such as clinical specificity, analytical specificity (cross-reactivity), linear range or linearity and accuracy, intra-assay precision and comparison with a reference assay. Results: Analytical and clinical specificity was 100 percent. Evaluation of linearity and accuracy with a WHO reference standard revealed that all the differences between the log10 of the value obtained and the reference value were lower than 0.5 log10 (r= 0.9977 and r2= 0.9954). The intra-assay variation coefficients obtained were low. Comparative evaluation with the commercial Artus HBV RG PCR kit showed a strong correlation (r= 0.8882). Conclusions: The assay HBV SUMASIGNAL (one step) is easy to conduct manually, fast and includes reagents for nucleic acid extraction. Based on the validity of the method for the use in mind, it may be recommended for incorporation into the diagnosis, surveillance and treatment of patients with chronic hepatitis B(AU)

Integration, Viral Charge and E2 mRNA Levels in the Progresion of Intraepitelial Cervical Lesions / Integración, carga viral y niveles de arn mensajero de e2 de vph 16 en la progresión de lesiones intraepiteliales cervicales

RESUMEN Entre las lesiones intraepiteliales escamosas cervicales (LIE) es importante distinguir aquellas asociadas con mayor riesgo de cáncer de cuello uterino. El objetivo de este trabajo fue evaluar si los niveles de expresión de E2 del VPH16 en mujeres con LIE y con evidencia de integración viral se asocian con el grado de la lesión. Se analizaron 109 cepillados cervicales positivos para VPH 16 provenientes de 19 mujeres sin LIE, 45 mujeres con LIE de bajo grado (LIEBG) y 45 mujeres con LIE de alto grado (LIEAG). Se cuantificó el número de copias de ARNm de E2 y de los genes E2 y E6 mediante PCR en tiempo real para determinar la carga viral (E6) y la proporción E2/E6 para evaluar la integración viral. Se encontraron frecuencias similares de expresión de E2 en LEIBG y LEIAG 15/45 (33 %), la frecuencia en mujeres sin lesión fue menor 3/19 (15,8 %), todos los casos en los que se observó expresión del gen E2 tenían mezcla de ADN viral episomal e integrado. La carga viral aumentó significativamente a mayor grado de la lesión (ρ =0,049), mientras que la proporción E2/E6 disminuyó (ρ=0,049). El análisis ROC mostró una baja capacidad de los tres parámetros virales para distinguir entre lesiones de bajo y alto grado. En conclusión, aunque las lesiones con presencia de ADN viral mixto e integrado y expresión de E2 podrían estar en menor riesgo de progresión, y la carga viral y la integración se relacionaron con mayor gravedad de la lesión, su valor clínico como biomarcadores de LEIAG es limitado.

ABSTRACT It is important to distinguish among squamous intraepithelial lesions (SIL) those associated with increased risk cervical cancer. Our aim was to evaluate if the expression level of gen E2 in women with SIL and evidence of viral integration is associated to the grade of lesion. Cervical scrapes HPV16 positive from 19 women with normal histology, 45 women with low-grade SIL (LSIL) and 45 women with high-grade SIL (HSIL) were analyzed. Real-time PCR was used to quantify the mRNA of E2 and E2 and E6 genes to calculate viral load (E6) and the ratio E2/E6 to assess viral integration. Similar frequencies of E2 expression were found in LSIL and HSIL15/45 (33 %), the frequency in women without SIL was lower 3/19 (15.8 %), and all cases with E2 gene expression had mixed episomal and integrated viral DNA. The viral load increased significantly with the grade of SIL (ρ= 0.049), while E2/E6 ratio decreased (ρ=0.049). The ROC analysis showed low capacity of the three viral parameters analyzed to distinguish between low and high grade SIL. In conclusion although SIL with mixed and integrated viral DNA with E2 expression could be at lower risk of progression, and viral load and integration were associated with higher severity of the lesion, its clinical value as biomarkers of HSIL is limited.

Comparison of independent and dependent culture methods for the detection of transient bacteremia in diabetic subjects with chronic periodontitis / Comparación entre métodos de cultivo independientes y dependientes para la detección de bacteriemia transitoria en individuos diabéticos con periodontitis crónica

Introduction: Oral-derived bacteremia may occur after several dental procedures and routine daily activities. Some conditions of the oral cavity may favor episodes of bacteremia. This would be the case of patients with diabetes mellitus and periodontitis, who exhibit exacerbated gingival inflammation and may be more prone to developing oral-derived bacteremia. Objective: To compare the effectiveness of an independent culture method (quantitative real-time PCR- qCR) and the most commonly used method (BacT-ALERT 3D ® ) for the diagnosis of bacteremia. Materials and methods: Blood samples were drawn from subjects with type 2 diabetes mellitus and chronic periodontitis before and after apple chewing. Samples were processed by an automated blood culture system (BacT-ALERT 3D ® ) monitored for 15 days with suitable subculture of positive cultures. In parallel, whole DNA from blood samples was purified using a commercial kit and screened by qPCR using a universal primer set of 16S rDNA for bacteria detection. Results: Blood cultures taken before apple chewing were shown to be negative by the two diagnostic methods. After chewing, two samples (11%) showed bacterial growth by BacT-ALERT 3D ® whereas qPCR did not detect the presence of bacteria in any sample. Conclusions: qPCR did not show greater effectiveness than the BacT-ALERT 3D ® in the detection of bacteremia of oral origin.

Introducción. Las bacteriemias de origen oral pueden ocurrir después de procedimientos odontológicos y de otros actos cotidianos. Algunas condiciones de la cavidad oral favorecen las bacteriemias como en el caso de pacientes con diabetes mellitus y periodontitis que presentan inflamación gingival exacerbada. Objetivo. Comparar la eficacia de un método independiente de cultivo (PCR cuantitativa) y otro dependiente (BacT-ALERT 3D ® ) en la detección de la bacteriemia. Materiales y métodos. Se tomaron muestras de sangre de individuos con diabetes mellitus de tipo II y periodontitis, antes y después de la masticación de manzana. Una alícuota se procesó por el sistema automatizado de hemocultivo (BacT-ALERT 3D ® ) y se monitorizó durante 15 días; la otra alícuota fue tratada para la extracción del ADN y procesada por RT-PCR usando un conjunto de cebadores de 16S rDNA exclusivos para bacterias. Resultados. En las muestras tomadas antes de masticar se confirmó la ausencia de bacterias mediante los dos métodos. En las muestras tomadas después de masticar la presencia de bacterias se evidenció únicamente en dos hemocultivos y en ninguna de las muestras se detectó la presencia de bacterias con el método de RT-PCR. Conclusiones. La PCR cuantitativa no mostró mayor eficacia que el BacT-ALERT 3D ® en la detección de la bacteriemia de origen oral.

Normalización de un método inmunoquímico para detectar Papilomavirus humano tipo 16 en lesiones cérvico-uterinas / Standardization of immunochemical method for detection of type 16 human papilomavirus in cervix uterine lesions

Introducción: la infección por Papilomavirus Humano (PVH) es la condición necesaria para la aparición y desarrollo del cáncer cérvico-uterino. Los genotipos de alto riesgo oncogénico son los causantes de este tipo de neoplasia y dentro de ellos el más frecuente es el PVH 16, que se encuentra aproximadamente en el 60 % de los casos. Los métodos de diagnóstico comerciales resultan costosos para países con escasos recursos económicos, lo que sugiere la búsqueda de alternativas empleando protocolos sencillos y baratos. Objetivos: normalizar un método inmunoquímico para la detección del antígeno L1 de PVH tipo 16 en muestras cérvico-uterinas de pacientes con lesiones intraepiteliales escamosas y determinar la coincidencia entre el método normalizado y la Reacción en Cadena de la Polimerasa en Tiempo Real (RCP-TR), como técnica de referencia, para estimar la utilidad de dicho método en el diagnóstico de la infección por este genotipo viral. Métodos: se compararon tres procedimientos de inmunotinción (Indirecto de inmunoperoxidasa en dos pasos, Estreptavidina-Biotina y Amplificación por polímero) respecto a sensibilidad analítica, tinción inespecífica de fondo y tiempo de terminación, para la detección de la proteína L1 de PVH 16 en líneas celulares derivadas de carcinomas cervicales humanos y en muestras cérvico-uterinas utilizadas como controles. El protocolo normalizado se aplicó a muestras cérvico-uterinas de mujeres entre 30 y 59 años, 82 con lesiones intraepiteliales cervicales y 10 sin antecedentes de alteraciones citológicas, a las que además se les determinó PVH 16 mediante RCP-TR. Resultados: el procedimiento de Estreptavidina-Biotina resultó el más sensible y específico. La coincidencia entre el método inmunoquímico y la RCP-TR fue de un 98,6 por ciento, la sensibilidad fue de un 98,57 por ciento y la especificidad de un 91,67 por ciento, con valores predictivos negativo y positivo por encima del 90 por ciento. Conclusiones: se demostró la validez del método inmunoquímico como prueba confirmatoria de la infección por PVH 16. Dicho método probó ser sensible, sencillo y no requiere de una compleja infraestructura para detectar PVH 16 en muestras cervicales. Además, esta técnica permite obtener información rápidamente y evita el uso de métodos invasivos(AU)

Introduction: Human Papillomavirus (HPV) infection is the necessary condition for the occurernce and development of cervical cancer. The high oncogenic risk genotypes are the responsible for this type of neoplasia and the most frequent is HPV 16 that affects roughly 60 percent of cases. Commercial kits for HPV detection are expensive for resource-poor countries, which suggests the search for alternative throguh non-expensive simple protocoles. Objectives: to standardize an immunochemical method for the detection of HPV 16 L1 antigen in cervical samples of patients with squamous intraepithelial lesions and to determine the diagnostic coincidence between the immunochemical method and the real-time polymerase chain reaction to estimate the usefulness of this method for the detection of cervical infection with this viral genotype. Methods: three immunostaining methods (Two-Step Indirect Immunoperoxidase, Labelled Streptavidin-Biotin and Enhanced Polymer) were compared in terms of analytical sensitivity, nonspecific background staining and time of completion, for the detection of protein L1 of HPV-16 in a cell line derived from human cervical carcinoma and clinical samples from uterine cervix. The optimized protocol was applied to 82 cervical samples from women aged 30-59 years with squamous intraepithelial lesions and to 10 samples of sexually active women without previous signals of positive cytology. The presence of type 16 HPV was also detected with the aid of RT-PCR. Results: the Streptavidin-Biotin system was the most sensitive and specific. The diagnostic agreement between the immunochemical method and the real-time polymerase chain reaction reached 98.6 percent, sensitivity was 98.57 percent and specificity was 91.67 %, with positive and negative predictive values above 90 percent. Conclusions: the validity of the immunochemical method as a confirmatory test for infection by HPV-16 has been demonstrated. The normalized immunochemical method proved to be a sensitive, simple, relatively fast method to detect HPV from clinical samples of cervical cells. Furthermore, this method provides information quickly, avoiding the use of invasive methods in patients(AU)

Detección molecular y cuantificación del transcripto BCR-ABL1 en pacientes paraguayos con leucemia mieloide crónica / Molecular detection and quantification of the BCR-ABL1 transcript in paraguayan patients with chronic myeloid leukemia

La leucemia mieloide crónica (LMC) es una neoplasia mieloproliferativa asociada a la presencia del gen de fusión BCR-ABL1 en la célula madre hematopoyética producto de la translocación t(9;22) 8q34;q11.2). Este nuevo gen codifica para una proteína tirosin quinasa con actividad oncogénica. Este estudio descriptivo de corte transverso tuvo como objetivo identificar y cuantificar los transcriptos BCR-ABL1 mediante técnicas de biología molecular en pacientes con sospecha clínica y en tratamiento de LMC, que concurrieron al laboratorio de Genética Molecular del Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud desde tres hospitales públicos de referencia. Se estudiaron un total de 69 pacientes a partir de los cuales se obtuvieron 19 muestras antes del inicio del tratamiento y 57 a distintos tiempo durante el tratamiento con inhibidor de tirosin quinasa. Se analizó el tipo de transcripto en 42 muestras hallándose la isoforma b3a2 en el 64%, la b2a2 en el 31% y ambas en el 5%. A partir de las cuantificaciones realizadas en 57 muestras en tratamiento se determinó la respuesta molecular a los inhibidores de la tirosina quinsa. El 61% no alcanzó la RM Mayor y el 30% obtuvo una RM Mayor o Completa. Este estudio logró implementar por primera vez a nivel nacional la detección y cuantificación del transcripto BCR-ABL1 en pacientes con LMC, introduciéndose una herramientanecesaria para el diagnóstico y seguimiento de la respuesta al tratamiento.

Reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para la cuantificación del ADN del virus de la hepatitis B / Real-time polymerase chain reaction assay for Hepatitis B virus DNA quantification

Introducción: los niveles de ADN viral en muestras de suero son un marcador útil para monitorear la progresión de la enfermedad y la respuesta al tratamiento en pacientes con hepatitis B crónica; de ahí que se comercialicen estuches diagnósticos para esta función, con la desventaja de ser costosos. Objetivos: desarrollar y evaluar el desempeño analítico de un sistema de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para la cuantificación del ADN del virus de la hepatitis B. Métodos: se utilizaron cebadores que amplifican un fragmento del gen C y sonda de hidrólisis en el equipo LightCycler 1.5. Se construyó una curva estándar y se evaluó su eficiencia. Se utilizaron 272 muestras de suero para ensayos de especificidad analítica y clínica, especificidad y exactitud genotípica, coeficientes de variación intraensayo e interensayo, comparación con un estuche comercial y con la reacción en cadena de la polimerasa cualitativa para el virus de la hepatitis B. Resultados: la curva estándar mostró excelente correlación lineal (r= -1) y valores muy bajos de error a lo largo de varias magnitudes de concentración de ADN diana. La especificidad analítica y clínica fue de 100 %, en tanto que al evaluar la especificidad y exactitud genotípica, se obtuvo que las diferencias entre los Log10 del valor obtenido y el de referencia eran inferiores a 0,5 Log10. El límite de detección por análisis de Probit se estimó en 16,41 UI/µL con un rango dinámico de cuantificación de hasta 10(8) UI/mL. El sistema mostró bajos coeficientes de variación intraensayo (0,16 a 1,45 %) e interensayo (0,9 a 2,62 %). La comparación con el estuche comercial artus HBV LC PCR kit mostró una correlación de r= 0,964 y r²= 0,929; con la reacción en cadena de la polimerasa cualitativa se confirmó la mayor sensibilidad y ventajas de la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real. Conclusiones: el ensayo cumple con los requisitos para la cuantificación del ADN del virus de la hepatitis B, que demuestra ser específico, sensible y reproducible. Su aplicación permitirá un mejor diagnóstico y seguimiento de los pacientes con hepatitis B crónica en Cuba.

Introduction: viral DNA levels in serum samples are a useful marker to monitor the disease progression and the treatment response in patients with chronic hepatitis B. Commercial kits for this purpose are available, but they are considerably expensive. Objectives: to evaluate the analytical performance of a real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) assay for Hepatitis B virus DNA quantification. Methods: specific primers to the gene C and TaqMan chemistry in a LightCycler 1.5 equipment was used. A standard curve was made and evaluated. Two hundred and seventy-two serum samples were used to assess the clinical and analytical specificity, the genotypic accuracy and specificity, the intra-assay and interassay coefficients of variation and the comparison with a commercial assay and with the qualitative PCR. Results: the standard curve showed a strong linear correlation (r= -1) and low error values in the tested target DNA concentration. Analytical and clinical specificities were 100 %. Genotype accuracy and specificity showed that the differences between the results obtained by RT-PCR assay and those of the reference assay were less than 0.5 Log10. The 95% HBV DNA detection end-point assessed by Probit analysis was 16.41 IU/µL with a dynamic range of quantification of 10(8) IU/mL. Intra-assay and interassay coefficients of variation ranged from 0.16 to 1.45 % and 0.9 to 2.62 % respectively. The RT-PCR assay correlated well with those from a commercial assay (r= 0.964 and r²= 0.929) and with the HBV qualitative PCR, thus confirming its better sensitivity and advantages. Conclusions: the RT-PCR assay is well suited to monitoring HBV DNA levels showing to be sensitive, specific and reproducible. Its application in the clinical practice ensures a better diagnosis and management of patients with chronic hepatitis B in Cuba.

Virus del papiloma humano: Marcador de respuesta a radioterapia/quimiorradioterapia en cáncer cervical / Human papilloma-virus: Marker of response to radiotherapy/chemoradiotherapy in cervical cancer / Papilomavírus humano: marcador de resposta à radioterapia / quimiorradioterapia em câncer de colo uterino

El cáncer cérvico-uterino (CaCU) representa el 6% de todas las neoplasias malignas en mujeres. Evidencia epidemiológica y molecular implican al virus del papiloma humano (VPH) en la etiopatogenia del CaCU y los genotipos más frecuentemente asociados son el 16 y 18 (VPH-16 y -18). La radioterapia (RT) y la quimiorradiación (RT-QT) son las dos modalidades de tratamiento primario para el CaCU, con tasas variables de resistencia o persistencia de la enfermedad. El objetivo de este trabajo fue estudiar, por primera vez, la respuesta tumoral antes, durante y después de la RT y la RT-QT y analizar la carga viral de VPH-16 y -18 en pacientes mexicanas con CaCU. Se obtuvieron muestras de tejido tumoral en pacientes con CaCU: antes, durante y después de la RT y RT-QT, se determinó el número de copias absolutas del VPH-16 o -18 y se estudió la respuesta en relación a la carga viral por PCR en tiempo real. La disminución de la carga viral de VPH para RT-QT y RT fue de 100 y 62%, respectivamente. Se observó una mejor respuesta con la modalidad de tratamiento combinado, por lo que se sugiere que la carga viral de VPH (-16 y -18) podría ser un potencial indicador para evaluar la respuesta de ambos tratamientos en el CaCU.

Cervical cancer (CaCU) represents 6% of all malignancies in women. Molecular and epidemiological evidence relate the human papilloma virus (HPV) with the pathogenesis of the CaCU genotypes, the most frequent genotypes being 16 and 18 ( VPH-16 and -18). Radiotherapy (RT) and chemoradiotherapy (ChRT) are the two primary treatment modalities for CaCU, with variable rates of resistance or persistence of the disease. The aim of this work was to study for the first time, the tumorai response before, duríng and after RT and RT-QT and analyze HPV-16 and -18 viral load in a Mexican population with CaCU. Samples of tumor tissue were collected from patients with CaCU: before, duríng and after RT and ChRT. The absolute number of HPV-16 or -18 copies was determined, and the response related with viral load in both treatments was studíed by real-time PCR-based in fluorescence. The percentage of decrease ín HPV viral load for ChRT and RT was 100% and 62%, respectívely With ChRT, the response was better than with RTalone. HPV (-16 and -18) viral load ís suggested to be a potentíal índícator to evalúate CaCU response in both treatments.

Normalización de un sistema de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para la cuantificación del herpesvirus humano 8 / Standardization of a real-time polymerase chain reaction system for quantification of human herpesvirus 8

OBJETIVO: normalizar un sistema de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para determinar la carga viral del herpesvirus humano 8, en diferentes muestras clínicas de pacientes en los que se sospeche la infección por este agente. MÉTODOS: se evaluaron 3 de los métodos reportados internacionalmente para obtener ADN estándar en la construcción de curvas externas estándar, que permiten determinar el número de copias de ADN diana en la muestra problema. RESULTADOS: se obtuvieron 3 ADN estándar a partir del clonaje de un fragmento del gen ORF26 del herpesvirus humano 8 en un vector (ADN plasmídico), con la utilización de productos purificados de reacción en cadena de la polimerasa y el empleo de ADN genómico de la línea celular BCBL. Se pudieron construir las curvas patrón a partir de cada uno de los ADN estándar obtenidos, los que mostraron una fuerte correlación lineal (r= -1) y valores muy bajos de error a lo largo de 6 magnitudes de concentración de ADN diana. El límite inferior de detección a partir del ADN plasmídico y de los productos de reacción en cadena de la polimerasa fue de hasta 100 copias, mientras que con el ADN genómico fue de hasta 10 copias; este último sistema resultó el más sensible. CONCLUSIONES: la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real normalizada a partir de los 3 ADN estándar probó ser un sistema rápido, específico y altamente sensible que permitirá un mejor diagnóstico y además desarrollar estudios sobre la patogenia de la infección por el herpesvirus humano 8 en Cuba.

OBJECTIVE: to standardize a real-time polymerase chain reaction system to determine the human herpes virus 8 viral load in several samples from patients suspected of this type of infection. METHODS: three internationally known methods were evaluated to obtain standard DNA in standard external curve constructions, which allow determining the number of target DNA copies in the suspected samples. RESULTS: three standards DNA were obtained from cloning ORF26 gene fragment of human herpesvirus 8 in a vector (plasmid DNA), with the use of purified polymerase chain reaction products and of genomic DNA of BCBL cell lines. The pattern curves were constructed on the basis of each of the resulting standard DNA, which showed strong linear correlation (r= -1) and very low error values throughout 6 target DNA concentrations. The lower detection limit based on plasmid DNA and the polymerase chain reaction products was 100 copies, whereas that obtained with genomic DNA reached up to 10 copies; this last system turned to be the most susceptible. CONCLUSIONS: real-time polymerase chain reaction system, standardized for the three standard DNA proved to be a rapid, specific and highly sensitive system for better diagnosis, and for the development of studies on the pathogenesis of human herpesvirus 8 infection in Cuba.

Estandarización de un método de detección molecular del virus influenza (H5N1) de alta patogenicidad / Standardization of a molecular detection method of highly pathogenic avian influenza virus (H5N1)

El virus de la influenza aviar H5N1 de alta patogenicidad mantiene el alerta mundial debido a su potencial zoonótico y pandémico. Surge entonces la necesidad de contar con herramientas para la detección temprana y de esta forma reducir el impacto potencial a la salud humana y animal. En este estudio se estandarizó un método de detección molecular de los genes de la matriz (M), hemaglutinina (H5) y neuraminidasa (N1) del virus de la influenza aviar H5N1 de alta patogenicidad de linaje asiático, mediante transcripción-reversa y reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RRT-PCR). A partir de un ARN viral de referencia cepa A/Vietnam/1203/2004 (H5N1) se construyeron controles positivos mediante clonación de productos de PCR. Los estándares de naturaleza plasmídica se emplearon en la obtención de curvas estándar para determinar los límites de detección de la técnica. La sensibilidad observada para todos los genes analizados fue de 10² copias de ADN/μL. Las curvas mostraron una eficiencia superior al 90%, y R²>0,99. Este método puede ser útil en las campañas de monitoreo del virus en aves migratorias, así como para el tamizaje de muestras clínicas de humanos, en una emergencia de salud.

Highly pathogenic avian influenza virus (HPAI) H5N1 is a global threat due to its zoonotic and pandemic potential. Then, concern arises and the need to have early detection tools to minimize the impact on human and animal health. In this work, a molecular detection method was implemented to detect matrix (M), hemagglutinin (H5) and neuraminidase (N1) genes of HPAI avian influenza virus H5N1, based on real time RT-PCR (RRT-PCR). Positive controls were constructed from reference RNA viral A/Vietnam/1203/2004 (H5N1), cloned into plasmidic vectors and sequenced. Assay detection sensitivity was assessed with standard curves for each gene. Assay sensitivity was 10² DNA copies/μl in all cases. Curves showed amplification efficiency higher than 90% and R²>0.99. This method could be useful for bird monitoring campaigns and as a screening procedure for clinical samples.